（一）引言：

? 在研究化學(xué)反應(yīng)機(jī)理時(shí)，搜索到過渡態(tài)之后，有時(shí)僅從虛頻的振動(dòng)方向很難判斷過渡態(tài)是否連接反應(yīng)物和產(chǎn)物，此時(shí)可以通過內(nèi)稟反應(yīng)坐標(biāo)(IRC)來確認(rèn)過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)是否連接反應(yīng)物和產(chǎn)物。另外，IRC計(jì)算時(shí)也可以把某個(gè)鍵長、鍵角或二面角隨反應(yīng)坐標(biāo)的變化情況描繪出來。最后，我們還能將IRC中每一個(gè)結(jié)構(gòu)（以及結(jié)構(gòu)參數(shù)）保存為動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)圖，將可以比較全面的展示過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)變化。本文將以教程五中的過渡態(tài)結(jié)構(gòu)為例，介紹如何計(jì)算內(nèi)稟反應(yīng)坐標(biāo)。

（二）作圖過程：

1. 打開教程五中的過渡態(tài)結(jié)構(gòu)，如下圖：
█ 軟件版本Gaussian 16, GaussView 6

█ 然后輸入IRC計(jì)算參數(shù)，如下圖：

█ 為了保證IRC路徑上的力常數(shù)穩(wěn)定，我們?cè)O(shè)置Recalc=2（上圖紅圈內(nèi)設(shè)置）

2. 等IRC計(jì)算結(jié)束，打開log文件，如下圖所示：

█ 默認(rèn)步數(shù)情況下，會(huì)得到21個(gè)結(jié)構(gòu)。前后各10個(gè)點(diǎn)，第11個(gè)為起始點(diǎn)，也就是搜索到過渡態(tài)。然后點(diǎn)擊Results → IRC/Path，則可以得到IRC的火山圖

3. 繪制結(jié)構(gòu)參數(shù)（鍵長、鍵角或二面角）、分子性質(zhì)等隨反應(yīng)坐標(biāo)的變化情況
█ 在剛才的火山圖界面上點(diǎn)擊Plots，然后點(diǎn)擊Plot Molecular Property，可以看到GaussView支持繪制如下性質(zhì)隨反應(yīng)坐標(biāo)的變化：

█ 然后我們?cè)O(shè)置成鍵的原子為1和5，即C-Cl的鍵長。這樣便可以得到鍵長隨反應(yīng)坐標(biāo)變化的情況：

4. 將IRC計(jì)算得到的結(jié)構(gòu)圖保存為動(dòng)態(tài)圖
█ 具體細(xì)節(jié)將在教程二十中給出。