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相關(guān)學(xué)習教程
- 教程（二十七）AMPAC程序中CHAIN方法搜索過渡態(tài)
- 教程（二十六）穩(wěn)態(tài)和過渡態(tài)優(yōu)化中如何消除多余虛頻
- 教程（二十五）使用贗勢基組時5d-6d基函數(shù)一致性問題
- 教程（二十四）使用freqchk命令進行熱力學(xué)校正
- 教程（二十三）GaussView使用技巧-如何設(shè)定溫度和壓力
- 教程（二十二）GaussView使用技巧-如何將指定區(qū)域原子進行固定
- 教程（二十一）幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化中如何固定部分原子
- 教程（二十）GaussView使用技巧-如何保存動態(tài)結(jié)構(gòu)圖
- 教程（十九）內(nèi)稟反應(yīng)坐標（IRC）計算
- 教程（十八）過渡態(tài)搜索（三）
教程列表29條
【2025-07-09】教程（二十七）AMPAC程序中CHAIN方法搜索過渡態(tài)
（一）引言：
介紹一種不需要過渡依賴經(jīng)驗的搜索過渡態(tài)的組合方法。本方法借助于AMPAC程序中尋找過渡態(tài)的Chain方法，先使用半經(jīng)驗方法得到一個過渡態(tài)的初始結(jié)構(gòu)，然后在Gaussian軟件中使用DFT方法對此“過渡態(tài)”結(jié)構(gòu)進行優(yōu)化。實現(xiàn)： ① 完全擺脫對初始猜測的依賴 ② 精準定位目標過渡態(tài)。
（二）觀看教程視頻：
https://www.bilibili.com/v
【2021-07-12】教程（二十六）穩(wěn)態(tài)和過渡態(tài)優(yōu)化中如何消除多余虛頻
（一）引言： 從原理來講，穩(wěn)態(tài)無虛頻、過渡態(tài)有且僅有1個虛頻（此虛頻在log文件或GaussView中以負值的形式體現(xiàn)）。在幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化過程中，我們經(jīng)常遇到穩(wěn)態(tài)和過渡態(tài)有多余虛頻存在的情況。本文將以二甲醚（CH3-O-CH3）穩(wěn)態(tài)結(jié)構(gòu)優(yōu)化為例，介紹一種簡單、有效的消除多余虛頻的方法。 （二）計算過程： 1. 二甲醚分子構(gòu)建軟件版本Gaussian 16, GaussView 6計算方法 # B3
【2021-06-08】教程（二十五）使用贗勢基組時5d-6d基函數(shù)一致性問題
（一）引言：在含有金屬的體系中，如金屬有機化合物、金屬氧化物的計算中，由于相對論效應(yīng)和計算量的問題，我們通常用贗勢基組對金屬元素進行描述，而對其它非金屬元素則使用全電子基組（例如6-31G(d)）。這個看起來很完美的混合基組策略，由于Gaussian程序的默認設(shè)置而隱藏了一個很嚴重的科學(xué)問題。這個問題涉及到基函數(shù)的組成問題，Gaussian程序中一般默認使用6d關(guān)鍵字（但在使用gen或gene
【2020-10-19】教程（二十四）使用freqchk命令進行熱力學(xué)校正
（一）引言：
? 在使用Gaussian進行計算時，我們根據(jù)所要研究體系的狀態(tài)設(shè)置溫度和壓力等條件，教程二十三介紹了如何設(shè)置體系的溫度和壓力。但在某些體系中，我們想要考察該體系在不同溫度和壓力下的熱力學(xué)量，應(yīng)該怎么辦呢？我們并不需要重新設(shè)定溫度和壓力重新進行計算（重新進行頻率計算需要花費大量的計算時間）。本文以教程二十三中的甲烷計算為例，將介紹如何使用freqchk命令產(chǎn)生不同溫度和壓力
【2020-10-19】教程（二十三）GaussView使用技巧-如何設(shè)定溫度和壓力
（一）引言：
? 在使用Gaussian進行計算時，由于每個人所研究體系的化學(xué)環(huán)境不同，最典型的情況就是系統(tǒng)所處的溫度和壓力不同，那么在Gaussian計算時如何指定溫度和壓力呢？本文以甲烷（CH4）分子為例，介紹如何設(shè)定溫度和壓力，并查看相關(guān)熱力學(xué)數(shù)值。
（二）計算過程：
1. 溫度和壓力的設(shè)置：
█ 軟件版本Gaussian 16, GaussView 6
【2020-04-09】教程（二十二）GaussView使用技巧-如何將指定區(qū)域原子進行固定
（一）引言：
? 在計算時，有時由于某些特殊原因，我們選擇不進行全局優(yōu)化，而選擇固定某些原子進行局部優(yōu)化。固定原子進行局部優(yōu)化的方法有多種，比如前文介紹的在原子坐標前加“-1”進行固定（教程二十一），也可以通過關(guān)鍵詞 opt=readopt 進行固定。但是，在體系較大時，如果想對某一個區(qū)域進行固定，上述兩個方法就顯得比較繁瑣。本文將介紹GaussView對指定區(qū)域原子進行固定的方法。
【2020-04-09】教程（二十一）幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化中如何固定部分原子
（一）引言：
? 在幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化時，我們有時需要固定某些原子以達到研究的某種目的。比如，研究表面化學(xué)問題時，常常固定材料基底；使用ONIOM模型時，也會將低層的原子坐標進行固定，等等。本文將介紹如何固定原子坐標。
（二）設(shè)置過程：
1. 方法一：笛卡爾坐標前加入“-1”標志
█ 軟件版本Gaussian 16, GaussView 6。
█ 以甲烷分子為例，首
【2020-04-08】教程（二十）GaussView使用技巧-如何保存動態(tài)結(jié)構(gòu)圖
（一）引言：
? 在論文寫作或者教學(xué)過程當中，我們常常想要制作動態(tài)結(jié)構(gòu)圖用于闡明化學(xué)變化過程。例如，搜索過渡態(tài)時需使用內(nèi)稟反應(yīng)坐標(IRC)來確認過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)是否連接反應(yīng)物和產(chǎn)物。此時，如果能將IRC中每一個結(jié)構(gòu)保存為動態(tài)結(jié)構(gòu)圖，將可以比較全面的展示過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)變化。另外，在進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化或者勢能面掃描(Scan)時，我們也可以通過保存動態(tài)結(jié)構(gòu)圖來觀察分子結(jié)構(gòu)的變化過程。最后，在進行紅外和
【2020-04-08】教程（十九）內(nèi)稟反應(yīng)坐標（IRC）計算
（一）引言：
? 在研究化學(xué)反應(yīng)機理時，搜索到過渡態(tài)之后，有時僅從虛頻的振動方向很難判斷過渡態(tài)是否連接反應(yīng)物和產(chǎn)物，此時可以通過內(nèi)稟反應(yīng)坐標(IRC)來確認過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)是否連接反應(yīng)物和產(chǎn)物。另外，IRC計算時也可以把某個鍵長、鍵角或二面角隨反應(yīng)坐標的變化情況描繪出來。最后，我們還能將IRC中每一個結(jié)構(gòu)（以及結(jié)構(gòu)參數(shù)）保存為動態(tài)結(jié)構(gòu)圖，將可以比較全面的展示過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)變化。本文將以教程五中
【2020-02-10】教程（十八）過渡態(tài)搜索（三）
（一）引言：
? 過渡態(tài)搜索是計算化學(xué)中一個很重要的內(nèi)容，它研究化學(xué)反應(yīng)動力學(xué)方面的信息。過渡態(tài)搜索將分為多個部分進行介紹。在教程（三）中，我們介紹了使用Opt=calcall聯(lián)合大小基組方法尋找過渡態(tài)的方法。但在某些體系中，如果反應(yīng)區(qū)域外的部分結(jié)構(gòu)還遠離平衡點，則會存在方法失效的情況。
? 本文作為第三部分將給初學(xué)者介紹另外一種過渡態(tài)尋找方法，即運用Scan關(guān)
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