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專門針對Gaussian軟件開發(fā)的可視化圖形設置界面
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專門針對Gaussian軟件開發(fā)的可視化圖形設置界面
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GaussView是專門針對Gaussian軟件開發(fā)的可視化圖形設置界面。通過GaussView您可以導入、構建您感興趣的分子結(jié)構，設置、運行、監(jiān)視以及控制Gaussian軟件的計算過程，檢索、查看所需的各種計算結(jié)果數(shù)據(jù)。大大降低計算化學的門檻，方便各類科研人員的使用。
GaussView 6新版本發(fā)布，專門為方便簡單地處理大型化學體系計算開發(fā)了許多新增功能。這些新增功能完全支持Gaussian 16所有新增的建模方法和功能。相信通過GaussView 6您能馬上便捷地使用Gaussian 16探究您研究的分子和反應機理。
※ 顯示分子結(jié)構
? 轉(zhuǎn)動、平移及縮放3D結(jié)構。
? 可以查看任何結(jié)構參數(shù)的數(shù)值。
? 對同一結(jié)構支持多個同步視窗或者獨立視窗。
? 可以單獨或者以分子集方式操作分子。
? 顯示格式支持：wire fame, tubes, ball & stick, space fill (CPK)。
? 可顯示每個元素的序號、符號、NMR屏蔽值。
? 顯示立體化學信息（R，S）。
? 高亮、隱藏原子。
※ 建模
? 如提供元素周期表、官能團、環(huán)狀結(jié)構、氨基酸、核苷、以及自定義模板。
? 支持導入各種標準分子格式，如PDB，Gaussian 輸入輸出文件、Sybyl文件（.mol2）、MDL（.mol, .rxn, .sdf）、晶體格式文件（.cif）、包含多個結(jié)構的 .sdf及 .mol2 文件。
? 自動或手動對整個分子或者選定的殘基和二級結(jié)構進行精確加氫。
? 修改鍵長及類型、鍵角、二面角。
? 通過一個清理程序得到合理的初始結(jié)構。
? 對給定結(jié)構限定對稱性。
? 鏡像結(jié)構倒轉(zhuǎn)、選定原子結(jié)構倒轉(zhuǎn)。
? 給選定原子中心增加一個原子或碎片。
? 定義原子組類別。
? 定義非標準同位素。
? 可以建立聚合物、2D表面、3D晶體結(jié)構（PBC模塊）。
? ONIOM分層。
? 顯示及定義MM原子類型及電荷。
? 增加或重新定義冗余內(nèi)坐標。
? 幾何優(yōu)化過程中定義凍結(jié)原子或坐標。
? QST2/QST3過渡態(tài)尋找時定義等價原子。
? 處理分子軌道：選擇、重排等。
? 分子碎片猜測及BSSE計算時定分子碎片。
? 分子說明部分包含PDB數(shù)據(jù)。
? 頻率計算可以選擇簡振模。
? NMR耦合常數(shù)計算時指定原子。
※ 計算設置和運行
? 通過圖形界面選擇計算方法，自動產(chǎn)生輸入文件（支持所有Gaussian特性）。
? 可以選擇溶劑化模型及定義其它參數(shù)。
? 定義計算資源（核、內(nèi)存、節(jié)點等）。
? 可定義計算方法模板。
? 支持“快速啟動”計算。
? 監(jiān)控Gaussian 計算。
※ 顯示Gaussian計算結(jié)果
? 顯示原子電荷。
? 顯示分子軌道、電子密度、靜電勢、自旋密度、NMR屏蔽密度的表面及輪廓圖。
? 顯示振動模式（頻率計算）。
? 繪制圖譜，如IR、Raman、NMR、VCD、ROA、UV-Visible、ECD等。
? 定義入射光頻率。
? 顯示NMR結(jié)果、幾何結(jié)構優(yōu)化過程、IRC、勢能面掃描、BOMD和ADMP軌跡。
? 計算結(jié)果存為圖片（靜態(tài)、動態(tài)）。
? 數(shù)據(jù)導出。
? x86-64 Linux
? IA32 Linux
? 64-bit MacOSX
? 32-bit Windows
? 64-bit Windows
非諧振頻率分析
GaussView 6 可以顯示IR, Raman, VCD及ROA的諧振和非諧振光譜結(jié)果，所預測非諧振峰、強度將同諧振峰、強度同時顯示（同時包括倍頻及組合峰）。
所得譜圖可以圖片形式展示，包括獨立展示或者同時在單個圖中展示。例如，下圖左邊展示的是VCD光譜的諧振光譜，中間部分展示的則是VCD光譜的非諧振光譜，右邊展示的則是兩者的組合光譜。
PCM溶劑模型孔洞
GaussView 6 可以展示SCRF溶劑模型的孔洞，既可用全色展示，又可用網(wǎng)格和點展示，溶劑模型孔洞可根據(jù)用戶喜好選定。例如，下圖所示的原子孔洞表面可以用特定顏色展示（此表面已設置為透明）。
ORD（旋光色散光譜）
GaussView 6 可以展示旋光色散光譜計算的結(jié)果。分子組（molecule group）中每個分子的ORD光譜都能單獨展示。下圖所示為五個分子在特定激發(fā)頻率下的ORD光譜，其中每個點為特定波長下所預測的旋光度。
電子振動光譜
GaussView 6 能展示電子振動分析結(jié)果，諸如電子振動光譜以及Duschinky矩陣。例如，下圖展示的是單光子吸收電子振動光譜。躍遷(blue sticks)，躍遷對應的光譜(red curve)及最終的光譜(black curve)都能同時展示。
下圖展示的是每對始態(tài)和終態(tài)的Duschinsky重疊矩陣，顏色從白色(0% overlap)到全色(100% overlap)標注。例如，我們可以看見在40左右始態(tài)和終態(tài)的重疊系數(shù)在 40-60%左右。
更加完善的計算總結(jié)
GaussView 6 可以顯示更多的計算結(jié)果：
● Overview 欄顯示計算得到的重要信息，新增溶劑化模型及極化率信息。
● Thermo 欄只有在進行頻率計算后才會顯示，它可以顯示各種熱力學值。
● Opt 欄只有在進行幾何優(yōu)化之后才會顯示，它可以顯示當前優(yōu)化下的收斂情況，包括maximum, RMS force, displacement及能量變化。
保存視頻文件
你可以使用GaussView6 來保存正則振動動畫及振動模（MP4格式）。當保存正則振動動畫時，你可以指定重復的頻率、向前（或后）播放、調(diào)整振動速度和流暢性等。振動動畫可以指定位移幅度、展示矢量位移及偶極矩等。
組合圖
GaussView 6 可以從多個文件中以組合圖的形式查看結(jié)果。主要功能如下：
● 可以改變線、短線以及兩者組合的意義。
● 指定線短線的特征，包括粗細及顏色。
● 繪制組合線以及指定其外觀。
● 對每個數(shù)據(jù)分配權重，包括Boltzmann平均。例如，下圖展示的是4個構象的VCD光譜以及Boltzmann分布下的VCD光譜(dashed green line)，我們可以得知組合光譜圖中構象1所占比重最高。
一步設置多個作業(yè)
GaussView 6可以通過幾步簡單操作對一個分子組(molecule group)進行Gaussian作業(yè)設置。過程如下：
● 確保所有分子都在一個分子組(molecule group)中。
● 在Gaussian Calculation Setup欄中按正常步驟來設置job type, model chemistry, title及其它關鍵詞。
● 點擊Assign to Molecule Group 按鈕，使上述設定應用到分子組中的所有分子上。
● 保存時，設置 Save Molecule Group為每個分子創(chuàng)建獨立文件。前綴及（或）分子編號可以加入到每個文件當中。
● 在下例中，我們通過構象搜索得到了84個分子。我們將作業(yè)設置為Opt+Freq，然后應用到分子組中的每個分子上，當保存時，每個分子將會產(chǎn)生獨立的輸入文件。
GMMX 構象搜索
GaussView 6 可以使用新增GMMX模塊進行構象搜索。你可以通過以下一種或多種方法進行構象搜索：
● 對于 Cartesian 搜索，每個重原子將在X, Y, Z方向上隨機移動一個距離。此方法在尋找局域最小值（local minima）時較為有效。
● 對于Bonds方法，每個已選擇的鍵將會隨機旋轉(zhuǎn)一個值，這會使分子構象產(chǎn)生較大變化。此方法在尋找局域最小值間的相互轉(zhuǎn)化時較為有效。
● 對于環(huán)狀化合物，在Bonds方法中提供了Ringmaker策略。它將打開環(huán)中的一根鍵，旋轉(zhuǎn)其余鍵，然后再試圖重新閉環(huán)。如果閉環(huán)之后的鍵長及鍵角不合理，那么此構象將不會采納，程序?qū)M入下一個可能的搜索。此方法對于8元環(huán)（或更大環(huán)）這樣易變形的分子較為有效。而對于不易變形的環(huán)狀化合物，此方法則效果不佳。對于這種情況， Cartesian 搜索方法則較為有效。
一旦GMMX 搜索完成，所有的構象信息將會列出，你可以使用GaussView 6以單個分子組形式打開和查看。同樣，你可以查看這些構象的能量。
SC作業(yè)管理系統(tǒng)
SC作業(yè)管理系統(tǒng)是為局域網(wǎng)計算機而設置的隊列系統(tǒng)（已載入GaussView 6中的服務器）?？梢栽O置作業(yè)、加入一個隊列及無需任何操作的情況下自動運行等。
在SC作業(yè)管理系統(tǒng)中有3個獨立的隊列，每個隊列可以指定同時運行的作業(yè)數(shù)量。作業(yè)的狀態(tài)可以通過SC作業(yè)管理系統(tǒng)中的Running Jobs及Finished Jobs 欄查看。SC作業(yè)管理系統(tǒng)也可以編輯作業(yè)類型（job types）、定義默認隊列及其它高級設置。
對稱性
GaussView中的點群對稱性功能可以讓你提高當前分子的對稱性，可以限制一個分子為特定點群，之后的所有操作將會保持此對稱性。
GaussView 6 允許降低當前分子的對稱性。對于Jahn-Teller扭曲來說，保持某些分子的對稱性對計算設置來說很有效，下圖所示分子點群由D3h 變?yōu)镈3。
刷選工具
GaussView6 提供三種不同的工具來選擇分子中的原子，最新的工具為刷選(brush selection)。此工具主要用于在緊密簇中快速選定原子。
作業(yè)設置新功能
Gaussian Calculation Setup欄增加了許多新功能：
● A: Job Preview 面板顯示所生成的輸入文件內(nèi)容。
● B: 可以從checkpoint文件中提取數(shù)據(jù)以及直接定義%OldChk。
● C: 可以指定作業(yè)最大硬盤使用量。
● D: 新增作業(yè)類型（job types），包括polarizabilities及ORD.
● E: 提供一個擴展面板用于指定布局分析。
● F: 支持Gaussian 16 新功能。例如anharmonic IR/Raman, VCD及ROA計算。
● G: 可查看Default.Route文件內(nèi)容。
